El derecho al dominio político español en el Nuevo Mundo conllevaba implícita la legitimidad de la guerra. Esta es la doctrina de la guerra justa que defendió Juan Ginés de Sepúlveda en la denominada "polémica de los naturales" frente a las tesis de Francisco de las Casas, y que tuvo como resolución la controversia de la Junta de Valladolid sobre los Derechos Humanos en 1550.
Era un humanista, filósofo, jurista e historiador, situado en el lado más extremo y antítesis de la teología española del siglo XVI. Defendió con argumentos difícilmente compatibles con la doctrina de la no-violencia predicada por Jesucristo, por mucho que pretendiera apoyar sus tesis en San Agustín, Tomás de Aquino y otros doctores de la Iglesia.