A principios del siglo XVI, los países europeos que adoptaron la Reforma protestante sustituyeron la tradicional Inquisición católica por un terrorífico sistema de represión religioso-político. La Inquisición española actuó mediante un Racionalismo basado en la negación de la brujería como herejía, método del que carecía el Fundamentalismo de los países protestantes.
Además, elaboró una profunda reglamentación y metodología en los procesos judiciales que derivó por extensión en garantías procesales para los inculpados. Hablar de garantías en procesos inquisitoriales es cuanto menos arriesgado, pero mucho más justa y menos violenta que cualquiera de los sistema represivos protestantes.
El término "inquisición" significa "investigación". De hecho, la función principal de la Inquisición española fue el de investigar el verdadero origen de muchos conflictos sociales de la Edad Moderna, a ponerles remedio aportando soluciones culturales, y a castigar a los verdaderos culpables de los desórdenes.
Este hecho diferenciador hispano y positivo tuvo su explicación en el pensamiento de la Contrarreforma católica.