La teoría atomista, fundada por Leucipo y Demócrito en el siglo V a.C., sostiene que la realidad material está compuesta exclusivamente por partículas indivisibles, invisibles e inmutables llamadas átomos y por espacio vacío. Los átomos se mueven, chocan y agrupan para formar los objetos, diferenciándose solo en forma, tamaño y posición.
Los novatores defendían la doctrina atomista, que identifica la substancia con los accidentes. Desde este punto de vista parecía difícil seguir afirmando el dogma de la transubstanciación eucarística, según el cual incluso transformado el pan y vino en cuerpo y sangre de Cristo permanecen las especies de pan y vino: color, sabor, olor, etc., que son accidentes. Los novatores, al no distinguir substancia y accidentes, defendieron que al desaparecer la substancia desaparecían los accidentes; con lo que, al defender la Iglesia católica la permanencia de los accidentes, se ponía en duda la existencia del sacramento eucarístico. El problema empezó a preocupar en Francia, entre Descartes y sus discípulos, donde se inició la discusión del tema.
Pero, la influencia de René Descartes en los novatores españoles fue relativa, como en el resto de los europeos. El erudito francés fue simplemente la cabeza más famosa de un movimiento que tuvo estrictamente muy poco de pensamiento cartesiano. Y los novatores que supuestamente fueron cartesianos se adhieren al aspecto científico o matemático de su obra, sin profundizar en su significación revolucionara desde el punto de vista filosófico, o ignorando este aspecto totalmente.
El nuevo espíritu se identificó con el saber científico y experimental. Por otra parte, en la España de esta época se entendía por cartesianismo toda actitud antiescolástica; por lo que los novatores tomaban por insulto el que se les considerase cartesianos, sin olvidar que en 1663 las obras de Descartes fueron puestas en el Índice, y en Francia el poder civil había desencadenado una persecución contra los cartesianos.
La influencia de Descartes fue pues mínima en los novatores, y en realidad, de Descartes sólo se recogía su antiaristotelismo y su afirmación de la mentalidad y las actitudes científicas. La doctrina de los novatores coincidió más bien con el rechazo del hilemorfismo, nervio de la teoría aristotélica. Frente a la dualidad de materia y forma sostuvieron la unidad esencial de todos los cuerpos.
La teoría de Descartes, al reducir la esencia de los cuerpos a pura extensión, negaba toda clase de accidentes absolutos separados de la substancia corpórea; aunque para aceptar la Eucaristía recordó que el cuerpo humano no es sólo extensión, sino también alma racional.
La doctrina cartesiana rozaba lo herético y Descartes fue perseguido por la inquisición de Francia, así como sus discípulos. En España, sus obras fueron incluidas en el Índice de libros prohibidos, lo que demuestra aún más la casi inexistente influencia cartesiana en los novatores españoles.
Los novatores rechazaron el Cartesianismo apoyándose en Pierre Gassendi y Emmanuel Maignan, sensualistas y atomistas, posturas que defendían frente al intelectualismo y el idealismo cartesiano. A final, los novatores españoles se dividieron entre gassendistas y maignanistas.
Tanto cartesianos como atomistas se oponían a la dualidad hilemórfica de los cuerpos, para defender su unidad como masa mecánica dotada de extensión y movimiento. Pero mientras en Descartes no hay más espacio que la extensión de los cuerpos, y sólo diversidad de densidad, los atomistas consideran que la estructura última de los cuerpos es su composición en partículas indivisibles, agregadas en cantidad, con espacios intermedios.
Pierre Gassendi se manifestó anticartesiano al rechazar el idealismo de Descartes para defender una teoría del conocimiento más empírica y sensualista, vinculada a Epicuro, considerando a los cuerpos extensión material. En cambio, Emmanuel Maignan defendió un atomismo menos radical, al considerar que los átomos no difieren sólo en figura y densidad, sino en su naturaleza intrínseca.
En España las teorías de Maignan tuvieron más aceptación que las de Gassendi, a través de Jean Saguens, con el que los novatores tuvieron relación directa, llegando a salir en defensa de ellos en una ocasión. Vivió durante las dos primeras décadas del siglo XVIII, cuando Maignan ya había muerto, pero el Maignanismo ya estaba muy implantado en el movimiento novator español.
En 1706, la obra de Sanguens Systema gratiae philosophico-theologicum fue condenada e incluida en el índice, y, un año después, su Philosophia Maignani Scholastica.
Más tarde, en 1715, Saguens publicó en Toulouse un volumen titulado Atomismus demonstratus et vindicatus ab impugnationibus philosophico-theologicis Francisci Palanco, en contra de su compañero español en la Orden de los Mínimos, el padre Fancisco Palanco, quien un año antes había condenado la doctrina del francés mediante su obra Dialogus physico-theologicus contra philosophiae novatores, sive Thomista contra Atomistas. Esta última obra estaba englobada en el debate que se estaba desarrollando entre escolásticos y novatores a cerca de la teoría atomista.
No fue el único español con el que rivalizó dialécticamente, pues ya había polemizado desde Francia con el dominico Nicolás Gennaro. Y el jesuita Pablo Antonio Appiano, consultor del Santo Oficio, se había ensañado con sus doctrinas, hasta el punto de dictaminar a favor de su inclusión en el Índice. Todo esto formaba parte de aquella polémica entre ambos movimientos filosóficos: escolásticos y novatores.
En conclusión, los atomistas españoles renegaron del Cartesianismo, en cuyo movimiento el padre Palanco quiso incluirlos, y prefirieron reivindicar la doctrina atomista de la materia que iniciaron Maignan y Saguens. Estaban convencidos de que el Atomismo está más de acuerdo con la religión cristiana y con el Aristotelismo que el Cartesianismo.
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